Будучи в Москве глава администрации Оренбургской области работал также в Правительстве РФ по вопросам межбюджетных отношений

В департаменте экономического развития регионов Министерства финансов РФ обсуждался ход выполнения поручения Президента Российской Федерации, которые были даны Правительству РФ после прошлогодней встречи Алексея Чернышева с Владимиром Путиным. Также глава области занимался решением вопросов формирования бюджета на 2004 год, в результате чего Оренбуржье должно быть включено в число регионов, которым выделяются средства на выравнивание финансового состояния в связи с изменением бюджетного законодательства.

Была достигнута договоренность о встрече в ближайшее время Алексея Чернышева с Председателем Правительства РФ Михаилом Касьяновым, где будет обсуждаться вопрос включения Оренбургской области в число регионов, которым будет оказана финансовая помощь из резервного фонда Правительства РФ.

Кроме того, Алексей Чернышев встречался с министром внутренних дел Борисом Грызловым и министром по делам национальностей Владимиром Зориным. Обсуждались вопросы работы правоохранительных органов и формирования политики межнациональных отношений.