В целях обеспечения безопасности движения поездов, сохранности пути, сооружений, объектов и устройств инфраструктуры магистрали в период интенсивного снеготаяния, ледохода, весенних и ливневых вод на ЮУЖД проводятся противопаводковые мероприятия. Для руководства работами по подготовке магистрали к пропуску ледохода, весенних и ливневых вод, координации всех действий и принятия необходимых срочных мер организован дорожный оперативный штаб.
Предпринимаемые меры направлены, прежде всего, на исключение случаев деформации земляного полотна, размывов и разрушений искусственных сооружений. Производится открытие отверстий малых мостов и труб, очистка от снега кюветов (1,2 тыс. км), нагорных канав (442 км), водоотводных канав (1,3 тыс. км), обочин, откосов насыпей и выемок. На дистанциях пути формируется запас материалов, инструмента, необходимых для проведения укрепительных и ремонтных работ. Организуется уборка и вывоз снега с территории станций, принимаются необходимые действия по отводу талых вод от централизованных стрелок.
Для предотвращения размывов и разрушений инженерных сооружений и ликвидации возможных последствий паводка будет сформировано 20 противоразмывных поездов из 171 вагона с необходимыми материалами и инструментом, 3 думпкарные вертушки с бутовым камнем. В целях обеспечения сохранности сооружений до начала паводка по необходимости проводятся укрепительные работы, обеспечивающие беспрепятственный пропуск ледохода, паводковых вод. В местах расположения плотин, находящихся выше ж.д.полотна, железнодорожники совместно с организациями-владельцами проводят комиссионные проверки. Всего осмотру подлежит 32 плотины.
На ЮУЖД также выявляются и берутся на учет жилые поселки, служебно-технические здания, расположенные в затопляемых зонах, при необходимости проводятся дополнительные мероприятия для обеспечения безопасного пропуска паводка.